Tujuan

Praktikum ini bertujuan mengetahui dan dapat mengisolasi DNA genom eukariot.

Metode

Metode pada praktikum ini yaitu pertama probandus yang dipilih berkumur-kumur, kemudian ditambahkan falkon sebanyak 15 ml air kumur-kumur. Setelah itu dilakukan sentrifugasi 3200 rpm selama 2 menit pada suhu 4oC, hasilnya berupa supernatan dan pelet, buang supernatannya dan ditambahkan buffer lisis sebanyak 500 μl ( tube 1,5 ml) lalu diresuspensi dengan pipet. Setelah itu ditambahkan 100 μl buffer untuk perisipitasi protein (KAC 8 M), larutan dibolak-balik kemudian dimasukan kedalam es selama 5 menit kemudian disentrifugasi dengan kecepatan 1300 rpm selama 15 menit.

Hasil sentrifugasi berupa supernatan diambil sebanyak 400 μl kemudian ditambahkan 360 μl isopropanol dingin mengendapkan DNA atau RNA (0,9 volume supernatan). Kemudian dimasukan kedalam es selama 3 menit dan disentrifugasi dengan kecepatan 13000 rpm selama 15 menit. Hasil berupa pelet diatmbahkan EtOH 70 % dingin kemudian disentrifugasi lagi dengan kecevatan 13000 rpm selama 5 menit pelet yang dihassilkan ditambahkan dengan ddH2O sebanyak 30-50 μl dan dilanjutkan dengan proses PCR.

Bahan-bahan yang digunakan dalam proses PCR yaitu ddH2O 16 μl buffer MgCl2 2,5 μl, dNTP mix 2,5 μl, Taq 0,5 μl, d 180 s primer 1 μl, DNA 2,5 μl. Proses pada PCR diabagi kedalam 4 tahapan yaitu predenaturasi pada suhu 95oC selama 5 menit, denaturasi suhu 95oC selama 60 menit, annealing pada suhu 63 oC dan terakhir adalah

 

Hasil Pengamatan

Mukosa 1                                                           

Keterangan hasil running bio5                          

Sumur 1 : marker 1 KB                                    

Sumur2 – 11 : sampel kelompok 1 s.d 1o            

 Mukosa 2

keterangan hasil running bio4

Sumur 1 : marker 1 KB

Sumur 2-11 : sampel kelompok 1 s.d 10

* Sumur ke 6 (kelompok5) tidak terdapat sampel sehingga sumurnya kosong

 

 

Pembahasan

Genom adalah satu kesatuan gen yang secara alami dimiliki oleh satu sel atau virus, atau satu kesatuan kromosom jasad eukariot dalam fase haploid ( Yuwono T 2002) atau dengan kata lain genom adalah gugus atau himpunan gen yang lengkap dari suatu organisme dapat mengendalikan keseluruhan metabolisme sehingga organisme tersebut dapat hidup dengan sempurna ( Jusuf M 2001). Genom eukaryot mempunyai organisasi yang lebih rumit dibandingkan prokaryot. Genom eukariot juga seperti pada bakteri terdiri atas DNA kromosom dan DNA ekstra – kromosom. Ukuran genom eukariyot, khususnya eukariyot tingkat tinggi, jauh lebih besar dibandingkan dengan ukuran genom prokariyot (Yuwono T 2002)

Pada praktikum ini dilakukan isolasi DNA genom pada mukosa mulut, prinsipnya jaringan mukosa dihancurkan sehingga membentuk sel, dan sel dipecah sehingga dibebaskan DNAnya. Setelah DNA bebas maka dilakukan penegecekan DNA dengan cara elektroforesis, hasil elektroforesis tidak menunjukan adanya migrasi yang menujukan adanya DNA yang berhasil diisolasi dari jaringan mukosa mulut. Hal ini dapat disebabkan lamanya proses yang dilakukan dan tidak sesuai dengan waktu yang ada di metode, adanya kesalahan yang dilakukan selama praktikum berlangsung seperti ketidaktelitian praktikan dalam menambahkan larutan pada pelet atau ketidaktelitian dalam penggunaan pipet mikro. Sehingga mempengaruhi volume yang ditambahkan.

Kesalahan yang menyebabkan tidak berhasilnya praktikum ini adalah pada saat pengambilan mastermix yang tidak tepat atau bahkan tidak terambil sama sekali karena mastermix yang diambil dalam volume yang sangat sedikit sekali. Sehingga sangat memungkinkan untuk terjadi kesalahan pada saat pengambilannya.

 

 

 

 

 

 

Kesimpulan

Berdasarkan hasil pengamatan praktikum ini tidak berhasil untuk mengisolasi DNA genom. Hasil tersebut ditunjukan dari proses elektroforesis yang tidak terlihat adanya DNA yang bermigrasi.

Daftar pustaka

Jusuf M. 2001. Genetika I Struktur dan Ekspresi Gen. Bogor: Sagung Seto.

Yuwono T. 2002. Biologi Molekular. Jakarta: Erlangga.

Aklimasi
 Aklimasi adalah penyesuaian fisiologis dan prilaku suatu organisme sebagai reaksi terhadap suatu perubahan lingkungan,atau modifikasi sifat fenotif suatu organisme yang disebabkan lingkungan.

Aklimatisasi

Aklimatisasi adalah Proses penyesuaian diri dari individu terhadap perubahan kondisi lingkungan, proses penyesuain disini lebih ditekankan pada perubahan fenotif penyesuaina bertujuan untuk bertahan pada kondisi lingkungan yang berbeda dari tempat asalnya.

Adaptasi

Adaptasi adlah proses evolusi makhluk hidup agar dapat menyesuaikan diri dengan lingkungan atau habitatnya. Bertujuan untuk menjaga keberlangsungan hidupnya dan generasi berikutnya. Proses ini berlangsung lama selama beberapa generasi.

Tujuan

            Tujuan prakikum kali ini adalah menegetahui dan mengidentifikasi patogen pada daging dengan metode PCR.

Metode

            Metode yang digunakan yaitu pertama proses persiapan daging sebelum dilakukan proses PCR. Sebanyak 50 mg daging ayam dan daging kambing digerus, ditambahkan nitrogen cair untuk mempermudah penggerusan. Setelah selesai digerus ditambahkan 350 ml larutan buffer lisis dengan proteinase K. Campuran ini kemudian diinkubasi pada suhu 50oC selama 5 menit dan dibolak-balik. Setelah itu damasukan kedalam es selama 10 menit. Setelah 10 menit campuran tadi ditambahkan 150 μl NaCl 6 N lalu dibolak-balik 6 sampai 8 kali. Dimasukan ke es selama 5 menit dan disetrifugasi selama 10 menit dengan kecepatan 10000 rpm. Hasil sentifugasi hanya diambil supernatannya saja sebanyak 500 μl danditambahkan 4 μl Rnase  lalu diinkubasi kembali pada suhu 37oC selama 15 menit. Ditambahkan isopropanol dingin sebanyak 350 μl, dibolak-balik selama 6 sampai 8 kali. Setalah itu disentrifugasi selama 20 menit dengan kecepatan 10000 rpm hasilnya berupa pelet saja yang diambil. Pelet tersebut ditambahkan 500 μl EtOH 70 % dan disentrifugasi lagi selama 5 meit dengan kecepatan 10000 rpm. Hasilnya dikeringkan dan ditambahkan 20 μl dd H2O setelah kering. Terakhir untuk pengecekan ada tidaknya DNA maka dilakukan elektoforesis.

            Setelah tahap persiapan selesai, dilakukan proses PCR.PCR 16S RNA terdiri atas tempelate sebanyak 0,5 μl, dNTP sebanyak 1 μl, DMSO 0,4 μl, Taq 0,2 μl, buffer 1 μl, primer 63 F 0,3 μl, 1387 R 0,3 μl, dan terakhir dd H2O  6,3 μl.  Tahapan dalam PCR meliputi predenaturasi pada suhu 95oC  selama 5 menit, denaturasi  95oC, annealing pada suhu 63oC dan terakhir adalah ekstensi 72oC.

Hasil Pengamatan

Keterangan : berturut-turut dari kiri kekanan adalah marker kemudian kelompo satu sampai kelompok sepuluh.

                        Migrasi DNA terlihat pada kelompok 3 dan 5 saja sedangkan kelompok yang lain DNA tidak bermigrasi.

Pembahasan

Bahan makanan, selain merupakan sumber gizi bagi manusia, juga merupakan sumber makanan bagi mikroorganisme. Pertumbuhan mikroorganisme dalam bahan pangan dapat menyebabkan perubahan yang menguntungkan seperti perbaikan bahan pangan secara gizi, daya cerna ataupun daya simpannya. Bahan makanan tersebut dapat berupa pangan dari hewani ataupun pangan nabati.  Contoh pangan hewani adalah daging (Siagian A. 2002).

Adanya pertumbuham mikroorganisme dalam bahan pangan dapat mengakibatkan perubahan fisik atau kimia yang tidak diinginkan, sehingga bahan pangan tersebut tidak layak dikomsumsi. Kejadian ini biasanya terjadi pada pembusukan bahan pangan. Bahan pangan dapat bertindak sebagai perantara atau substrat untuk pertumbuhan mikroorganisme patogenik dan organisme lain penyebab penyakit. Penyakit menular yang cukup berbahaya seperti tifus, kolera, disentri, atau tbc, mudah tersebar melalui bahan makanan (Siagian A. 2002).

Kerusakan pada daging ada dua jenis yaitu kerusakan pada kondisi aerob dan kerusakan pada kondisis anaerob. Contoh bakteri yang terdapat pada daging, yaitu Bacillus, Streptococcus,dan Pseudomonas. Adapun mikroorganisme lain yang terdapat pada daging yang menyebabkan adanya bau pada daging yaitu actynomycetes (http://blogs.unpad.ac.id). 

Berdasarkan hasil pengamata berupa hasil elektroforesis ada 2 kelompok yang berhasil, DNA hasil elektroforesis bermigrasi. Hal ini menunjukan adanya DNA patogen yang terdapat pada daging. Sedangkan kelompok yang lain tidak berhasil. Hal ini disebabkan pada saat pengerjaan prosedur praktikan tidak teliti dan bekerja tidak sesuai standar yang telah ditetapkan dalam prosedur. Sperti penamabahan volume beberapa larutan yang kurang atau sebaliknya kebanyakan karena salah menggunakan pipet mikro. Pada praktkum ini hanya terbatas melihat ada tidaknya DNA patogen yang terdapat pada daging tidak pada tahap mengidentifikasi jenis mikroorganismenya.

Kesimpulan

Praktikum ini ada 2 kelompok yang berhasil dalam identifikasi patogen pada daging yaitu ditandai dengan adanya DNA yang bermigrasi setelah dilihat hasilelektroforesis. Sedangkan kelompok yang lain tidak berhasil

Daftar putaka

Siagian A. 2002. Mikroba Patogen pada Makanan dan Sumber Pencemarannya. Sumtera Utara: USU digital library.

http://blogs.unpad.ac.id/roostitabalia/wp-content/uploads/mikropangan03.pdf